Prace w sezonie 2021 skupiły się w kościele odkrytym pod Wielką Bazyliką, datowanym na koniec IV w. Jest to jeden z wcześniejszych przykładów architektury bizantyńskiej w Egipcie. Kościół o wymiarach 25 x 14 m podobnie jak Wielka Bazylika (48 x 51 m) był trzynawową budowlą z narteksem od strony zachodniej i małą apsydą od strony wschodniej. W nawach bocznych starszej budowli znajdowały się ławy dla wiernych. Na zewnątrz kościoła, za apsydą znajdowało się baptysterium, wyłożone pierwotnie płytami marmurowymi.
Wnętrze kościoła było bogato zdobione, podłogę w sanktuarium wykonano z marmurowych płyt, w solei znajdowała się podłoga wykonana w technice opus sectile, a w centralnej części umieszczony był ołtarz, prawdopodobnie z marmurową mensą, po którym zostały negatywy. Podczas eksploracji nawy głównej i bocznej natrafiono na setki fragmentów malowanego tynku i sztukaterii, które zdobiły ściany kościoła. Fragmenty dekoracji malarskiej kościoła były znajdowane w Wielkiej Bazylice już od 2003 roku.
W 2021 roku odkryliśmy kolejne pomieszczenia przy apsydzie Kościoła od strony północnej, zachodniej w narteksie i od strony południowej, gdzie znajdowało się trzecie wejście do Kościoła.
